La terra è stata colpita da una serie di imponenti disastri naturali, la stragrande maggioranza della popolazione è stata decimata e la luce del sole filtra a malapena attraverso la coltre di cenere sospesa nell'aria. Nel mondo, segnato da queste circostanze catastrofiche, vi sono dei sopravvissuti che ne aiutano altri, ma alcuni, approfittando della situazione, cercano di prendere il comando e diventare dei nuovi leader. Nel frattempo, mentre alcuni soldati stanno tentando di eseguire gli ordini impartiti prima che scoppiasse il disastro, altri approfittano della situazione per arricchirsi. I giocatori devono condurre il proprio esercito alla vittoria per proteggere i sopravvissuti inermi, valutando i punti di forza e le debolezze di ciascuna unità per pianificare l'attacco in modo strategico e per sconfiggere il nemico.
Assumendo il ruolo di Comandante Capo di un esercito, ogni giocatore deve combattere contro il nemico impiegando le svariate unità militari di terra, aria e navali a sua disposizione. Utilizzando il Touch Screen ed il pennino o i bottoni di controllo, i giocatori possono controllare direttamente le proprie unità, conducendole alla vittoria o condannandole alla sconfitta! Con le nuove possibilità di costruire porti e punti di approvvigionamento, i giocatori hanno un maggior controllo della propria strategia bellica. Oltre a ciò, Advance Wars: Dark Conflict offre possibilità di gioco per i giocatori singoli mai viste fino ad ora con 26 livelli nella modalità Story, oltre a più di 30 missioni bonus per giocare ed apprendere le tattiche necessarie a sconfiggere i nemici con successo ed in modo efficiente. Mappa dopo mappa i giocatori devono far guadagnare terreno al proprio esercito al fine di sconfiggere tutte le unità nemiche o prendere possesso dei loro quartier generali, con regole sempre diverse per ottenere la vittoria a seconda del livello raggiunto.
