Aero Fighters Assault è uno sparatutto basato su combattimenti aerei. La storia segue le vicende di un gruppo di quattro piloti che combattono in un mondo immaginario dominato da una organizzazione chiamata Phutta Morgana. Caratterizzato da uno stile arcade, l'obiettivo è ovviamente atraversare i vari livelli di gioco cercando di fare più punti possibile.
I punti possono essere accumulati facendo sopravvivere i vari uomini "wingman" a disposizione oppure cercando di utilizzare il meno possibile le varie manovre di schivata e armi speciali a disposizione, naturalmente sommando il tutto alle vite a dispozione una volta completato il livello. Il vantaggio dell'accumulare punti consiste nel poter sbloccare missioni extra, fino ad un massimo di 4 previste.
I veicoli a disposizione sono quattro, ognuno con una propria arma speciale e tipologia di missili, più due sbloccabili completando le missioni bonus.
Non può naturalmente mancare la modalità scontro mortale uno contro uno.