FIFA 99 si focalizza sulle squadre europee, con più di duecentocinquanta team che si scontrano per la coppa.
Naturalmente, sono presenti squadre dal resto del mondo, dall'Argentina alla Yugoslavia, così come gli Stati Uniti e il Brasile.
E' disponibile la coppa European Dream e la possibilità di crearsi la propria coppa.
Vi sono inoltre anche opzioni per personalizzare il proprio giocatore e il proprio team, cambiando facce, nomi, attributi, ma non altezza e peso.
