Goemon's Great Adventure è essenzialmente una versione migliorata di Goemon 2 (Super Famicom), con un gameplay di scorrimento laterale 2D che richiederà salti tra piattaforme, nemici da sconfiggere, rocce o pacchi da spostare e puzzle da risolvere.
Ci sono cinque distinte aree di gioco, dalle verdi colline attorno Castello Edo (Tokyo) ai cimiteri infestati dai fantasmi fino ad unacittà volante nel cielo.
Ogni area è divisa a sua volta in cinque tipi di livelli: in strada, in città, ai cancelli, al castello e il livello finale di ogni area.
I quattro eroi Goemon, Ebisumaru, Sasuke e Yae sono stati chiamati per testimoniare l'ultima invenzione del Saggio di Iga: la straordinaria macchina di ritorno dei fantasmi.
Ma il malvagio Bisumaru ruba la macchina e la usa per riportare in vita Dochuki, il boss del sottomondo dalla pelle blu.
E' ancora una volta compito di Goemon salvare il mondo da fine certam oltre che liberarlo dai fantastmi che per colpa di Bisumaru lo infestano.
