Il mistero sulla natura di Metal Gear Solid: Snake Eater 3D è emerso in seguito ad alcune dichiarazioni di membri di Kojima Productions i quali pare non abbiano chiaro il destino del titolo in questione.
In effetti, sembra che il gioco abbia rappresentato una sorpresa non solo per il pubblico all'E3 2010, ma anche per una buona parte del team controllato da Hideo Kojima. Sembra infatti che il game designer abbia deciso di far sviluppare il progetto in segreto, affidandolo ad un piccolo team interno a Kojima Productions e mantenendo tutti gli altri all'oscuro sulla faccenda. Non solo, pare anche che sia stata sparsa la voce che questi sviluppatori al lavoro su Metal Gear Solid: Snake Eater 3D fossero in verità in vacanza, in modo da completare perfettamente l'effetto sorpresa.
Insomma, una vera e propria kojimata: quale sia stato il suo senso non è molto chiaro, forse per mantenere più facilmente il segreto o forse semplicemente per il bizzarro spirito ironico che permea sempre le produzioni di Kojima. In ogni caso, permane l'incertezza sul futuro del gioco: secondo l'intervista pubblicata da Famitsu (tradotta da Andriasang), l'obiettivo del game designer era aver pronta una demo per l'E3, ma al di là di questo la consistenza del gioco pare molto nebulosa. Kojima si è comunque detto piuttosto certo che il titolo diverrà un prodotto completo, ma non potendo cambiare la storia di Metal Gear Solid 3 si dovranno tentare nuove strade. Si tratterà probabilmente di un remake, nel quale verranno applicate alcune variazioni: "stiamo pensando a modalità cooperativa, 3D ed elementi che si associano bene all'essenza portatile", ha detto il game designer, "i modelli di livello più alto sono quasi della stessa qualità di quelli che abbiamo fatto per PlayStation 3", ha riferito poi, sostenendo che il livello della grafica su Nintendo 3DS può raggiungere risultati molto superiori rispetto a quanto mostrato all'E3: "se avessimo avuto più tempo, avremmo potuto mostrare qualcosa di meglio".
