ClayFighter 63 1/3, come il suo predecessore ClayFighter e C2 Judgment Clay, utilizza la tecnica di animazione Stop Motion e Claymation, opposta alla tradizionale computer grafice per produrre un effetto unico.
Le arene sono uniche, con molte stanze all'interno di ogni arena; durante lo scontro, i giocatori possono spingere i loro avversari in stanze diverse, e il combattimento continuerà in quella stanza.
Il gioco è un tributo a tanti altri giohi di combattimento: Street Fighter Alpha per le tre barre delle super combo, parate come in Street Fighter III, sistema di combo simile a Killer Instinct, fatality simili a quelle di Mortal Kombat con frasi assurde (sono chiamate Claytalities).