Tempo fa, il malvagio Cablon ha devastato il pianeta Copto, poco distante dal sistema Algol. Sconfitto, fu imprigionato su un pianeta scoperto da Alis, l'eroina del prima Phantasy Star.
In questa side-story, giocherete due giovani dal villaggio Tedo, Alec e Mina. Mina un giorno trova un vecchio artefatto, e mentre cerca di scoprire cosa sia il padre di Alec viene rapito. I giovani dovranno partire per scoprire cosa c'è sotto,m e scopriranno che c'è più di quello che pensano.
Le città ed i sotterranei sono in visuale dall'alto, battaglie a turni in prima persona, con inconti casuali, esperienza da accumulare ed oro da raccogliere, equipaggiamento e tanto altro.
