Con il lancio di Fire Emblem: Fates in Giappone è emersa anche una caratteristica che non era stata approfondita particolarmente prima dell'uscita: il multiplayer online.
Il gioco contiene la possibilità di combattere contro altri giocatori online in battaglie tra eserciti composti da 5 unità, selezionabili da un salvataggio a scelta all'interno della partita principale. È possibile giocare con amici o con utenti selezionati a caso, oppure anche con connessione in locale. Le regole possono essere impostate all'inizio della partita, c'è un limite di tempo di cinque minuti e a quanto pare non è presente la fog of war.
Al momento sono disponibili cinque mappe per il multiplayer: "Mountain Village," "Opera House," "Destroyed City," "Crumbled Fortress" e "Palace".
