Super Mario Maker arriverà anche in versione portatile entro la fine dell'anno e permetterà di utilizzare i livelli creati con la versione Wii U. A quanto pare non è prevista l'implementazione delle funzionalità 3D. La box art, pubblicata in queste ultime ore da vari rivenditori specializzati, suggerisce infatti che il gioco sia predisposto solo per la grafica 2D.
Super Mario Maker per 3DS arriverà in Europa il 2 dicembre.