Tim Bennison di Radical ha confermato che in Prototype non ci saranno modalità multiplayer e che il gioco sarà dunque focalizzato sull'esperienza in single player. La storia si dipanerà attorno al personaggio di Alex Mercer, finito in una cospirazione governativa. La focalizzazione del team di sviluppo sul single player ha permesso di portare al massimo il perfezionamento del sistema di combattimento, spiega Bennison, sottolineando che la "prima volta che un giocatore tirerà un soldato Blackwatch corrotto nelle lame di un elicottero in attacco crediamo che si stamperà un sorriso felice in faccia". Noi lo prendiamo in parola, mentre sembra che riguardo al comparto multiplayer non tutto sia ancora stato deciso essendo a quanto pare stato tagliato dal progetto originale e potenzialmente reinserito in futuro.
