Nazo Puyo (Secret Puyo) prende la "Quest mode" trovata in molto giochi Puyo Puyo e la rende un gioco a se stante.
Mentre il classico gameplay Puyo Puyo è centrato sullo sconfiggere un avversario utilizzando tecniche migliori, la modalità puzzle è una modalità nella quale per raggiungere l'obiettivo bisogna gestire uno schermo pieno di Puyos.
Questi obiettivi possono essere eliminare tutti i Puyos sullo schermo, oppure eliminare un certo numero di Puyos tutti in una volta.

