La storia inizia con il naufragio di un viaggiatore interstellare (il Capitano Olimar) su un pianeta sconosciuto: purtroppo, durante la fase d'atterraggio, la nave spaziale va in pezzi, seminando sulla superficie del pianeta parte dei componenti necessari per il corretto funzionamento dell'astronave (30 in tutto).
Il nostro povero pilota quindi si trova costretto a trovare e recuperare i vari pezzi della sua astronave dovendo combattere contro un'atmosfera che non gli è congeniale (non può nemmeno togliere il casco a causa della presenza di gas per lui velenosi) e, soprattutto, con gli ostacoli rappresentati da una vegetazione rigogliosissima e da voraci insetti assassini. Olimar può contare su un sistema di sostentamento vitale capace di tenerlo in vita per un massimo di trenta giorni, nei quali dovrà recuperare i trenta pezzi dell'astronave per poter tornare vivo sul suo pianeta.
È in questo momento di sconforto che il nostro perduto eroe scopre i Pikmin™, degli esseri vegetali intelligenti e dalla forma antropomorfa disposti ad aiutarlo in qualsiasi compito.
Comandando i Pikmin™ quindi, potrete abbattere rocce, uccidere i nemici, spostare sassi e procurare cibo per la colonia allo scopo di ottenere altri Pikmin™ da utilizzare per risolvere ulteriori enigmi, ma soprattutto recuperare i pezzi dell'astronave di Olimar.
Più Pikmin™ avrete a disposizione, con più oggetti potrete interagire, dato che ogni oggetto, sia esso trasportabile o oltrepassabile (come un ostacolo) è caratterizzato da un numero, corrispondente alla quantità di Pikmin™ necessari per il compito.
Ci sono poi altri ostacoli, come mura da abbattere o ramoscelli da srotolare per costruire dei ponti, che non sono identificati da un numero; in questi casi, più Pikmin™ impiegherete sull'ostacolo in questione, più velocemente lo abbatterete. Di enigma in enigma, il giocatore sarà accompagnato di livello in livello fino al recupero di tutti i pezzi d'astronave. I Pikmin™, purtroppo per loro, sono delle prede abbastanza appetitose per gli altri abitanti del pianeta. Insetti voraci, rospi ed altri bizzarri animali infatti minacciano l'integrità dei vostri piccoli amici, che dovrete preservare se volete portare a termine i vari enigmi proposti dai livelli del gioco.
Tenendo presente che i Pikmin™ sono molto numerosi, potrete inviare un gran quantitativo di Pikmin™ all'attacco dei vari insetti e animali allo scopo di eliminarli e tramutarli in cibo per la colonia. Ricordatevi comunque che l'attacco frontale contro un nemico più forte non può che portare ad un fallimento. Quindi dovrete indirizzare i vostri attacchi aggirando il nemico e attaccandolo da dietro, altrimenti rischierete di perdere un gran numero di Pikmin™ nella battaglia. Le azioni che potrete commissionare ai vostri aiutanti saranno molto varie e, grazie al nuovo pad del GameCube™, non avrete problemi con il sistema di controllo, semplice ed immediato. I Pikmin™ possono essere di tre razze diverse e di conseguenza di tre colori diversi (rosso, giallo e azzurro). Ogni razza di Pikmin™ ha delle abilità particolari utili in determinati compiti: volete attaccare una specie d'insetto sputafuoco? Chiamate attorno a voi una ventina di Pikmin™ rossi e lanciateli contro il nemico, in quanto potranno resistere al fuoco oltre ad essere più portati per gli scontri fisici. Se quel che vi serve è invece far raggiungere ai piccoli Pikmin™ altezze particolarmente elevate, scegliete la variante leggera gialla, dotati di straordinarie capacità di salto e capaci inoltre di raccogliere delle strane rocce esplosive indispensabili per poter abbattere dei muri altrimenti invalicabili. I Pikmin™ blu invece possono attraversare le acque senza pericolo d'annegare, al contrario di quanto succederebbe ai loro fratellini gialli e rossi. Ma qualsiasi sia il loro colore, i Pikmin™ possono comunque essere presenti sotto tre forme di evoluzione, a seconda del tempo che vengono lasciati in ''incubazione'' nel terreno (i Pikmin™ nascono come semi dotati di una piccola foglia che ne testimonia all'esterno la presenza nel terreno). Per poter sfruttare i Pikmin™, Olimar può quindi decidere di estrarre immediatamente i piccoli semi che riempiono il quartiere generale delle sue operazioni in ognuna delle quattro regioni; se invece il tempo è dalla sua parte, allora è consigliabile lasciare che i Pikmin™ ''maturino'', fino a diventare dei fiorellini che, una volta estratti, portano a degli esserini decisamente più veloci, resistenti agli attacchi dei nemici e dotati di maggior forza. La realizzazione tecnica di Pikmin™ è veramente superlativa: Il gioco è pervaso d'animazioni splendide e divertentissime ed il sapiente utilizzo di fonti di luce e textures riesce a dare al tutto un look fumettoso e realistico nello stesso momento. Le textures che definiscono il terreno, le rocce, le piante e i vari elementi di contorno sono assai realistiche, mentre i personaggi mantengono una fumettosità che non stona assolutamente con l'impostazione generale, anzi si integra alla perfezione con i vari ambienti grazie anche ad un sapiente utilizzo di tinte molto vivaci.
