Final Doom è un add-on che aggiunge 2 nuovi livelli al gioco Doom II.
Il primo è intitolato Plutonia Experiment e il secondo TNT: Evilution.
TNT: Evilution
Dopo la liberazione dai demoni della Terra, la UAC è stata rifondata e le sue ricerche sul teletrasporto riattivate. Tuttavia, per maggior sicurezza, i laboratori sono stati costruiti su Io, una delle lune di Giove, inoltre un intero battaglione di marine si trova di stanza sul posto per fronteggiare eventuali tentativi di attacco da parte dei demoni. Infatti, durante un esperimento, i demoni tentano un assalto, che viene però respinto dai marine, comandati dall'eroe che in precedenza aveva sgominato le loro orde sulla Terra.
Quando tutto il personale pensa di essere ormai al sicuro dall'invasione, un'astronave si materializza in orbita di Io: gli uomini della UAC pensano sia la nave di rifornimento inviata dalla Terra, ma scoprono con orrore che è una nave costruita dai demoni, realizzata in acciaio, ossa e corruzione, da cui piovono sulla base centinaia di creature infernali. Ben presto i mostri si spargono nella base ed i marine, presi alla sprovvista, non riescono a respingerli. Tutti gli esseri umani vengono uccisi o zombificati tranne uno: il comandante dei marine non era sul posto al momento, essendo impegnato in un'esplorazione fuori dalla base. Tornato alla base scopre quanto è accaduto e decide di entrare in azione, per eliminare nuovamente i demoni.
The Plutonia Experiment
Liberata dai demoni in Doom 2, la Terra non è ancora al sicuro, in quanto le orde infernali minacciano una nuova terribile invasione. Tutto comincia quando la UAC decide di avviare ricerche su come impedire che i demoni possano sfruttare la tecnologia dei teletrasporti per future invasioni: i ricercatori mettono a punto un prototipo di "acceleratore quantico", uno strumento in grado di chiudere portali di teletrasporti quando questi vengono aperti. Per realizzare questo prototipo però, i ricercatori furono costretti ad apprendere di nuovo come aprire i portali...
Nel corso del primo test dell'acceleratore quantico tutto funziona perfettamente, lo strumento chiude il cancello dimensionale aperto dai demoni, uccidendo all'istante il cyberdemon che lo stava ancora attraversando. Tuttavia pochi giorni dopo una serie di sette portali viene aperta dai demoni: l'acceleratore quantico li chiude uno dopo l'altro, ma nel tempo occorso per farlo troppi demoni hanno ormai attraversato la loro dimensione per giungere sulla Terra. La struttura UAC viene invasa, gli umani uccisi o zombificati e l'acceleratore quantico rubato da un demone guardiano.
Temendo che il prototipo possa essere sfruttato dai demoni contro l'umanità, il quartier generale dei Marine ordina un assalto contro la struttura UAC. Il protagonista, che casualmente si trovava vicino al luogo dell'invasione, sa che quando i rinforzi arriveranno sarà troppo tardi, decide così di entrare da solo e fermare i demoni.
