Darwin's Paradox è un'avventura a piattaforme costruita con grafica 3D ma impostata secondo il classico canone del platform 2D, che ha per protagonista un simpatico polpo chiamato Darwin.
Sebbene abbia una storia, questa viene raccontata utilizzando poche parole, soprattutto attraverso scenette, gag ed espressioni varie tra il protagonista e gli altri personaggi, raccontando una sorta di parodia di un film di fantascienza di serie B degli anni 50.
Darwin si ritrova sbattuto dalle meraviglie della barriera corallina a una discarica, a causa di una sorta di rapimento alieno che lo porta a scoprire una grande cospirazione. Dietro la misteriosa ditta Ufood che sta dominando il mondo sembra infatti celarsi una sorta di invasione aliena "occulta", per così dire.
In un modo o nell'altro, Darwin si ritrova ad essere l'ultima speranza dell'umanità contro questa invasione, attraversando diversi livelli tra piattaforme, enigmi e anche fasi in stile stealth action, con tanto di riferimenti a Metal Gear Solid.