Il titolo dice piuttosto in maniera esplicativa quello che ci troveremo davanti nel nuovo capitolo dell'RPG dedicato alla coppia più famosa del mondo videoludico: in Mario & Luigi: Bowser's Inside Story ci troviamo ad esplorare proprio l'interno di Bowser.
Tra ossa, budella e interiora assortite, ovviamente tutte realizzate nel classico stile cartoonesco della serie, ci troveremo dunque a guidare Mario e Luigi in questa bizzarra ambientazione, con struttura di gioco del tutto simile ai capitoli precedenti, salvo ovviamente aggiunte e miglioramenti. Di seguito il primo video di presentazione del gioco.