Ignorando l'inquietante avvertimento di Dobby, l'elfo domestico, sulle terribili conseguenze del suo ritorno a Hogwarts, Harry inizia il secondo anno scolastico: ben presto scoprirà il vero significato delle sue parole! Si troverà infatti coinvolto in un oscuro complotto contro i suoi compagni "mezzosangue", mentre gli studenti si ritrovano inspiegabilmente pietrificati! Il responsabile è Draco Malfoy, oppure dietro questi misteriosi eventi si cela un'entità ben più malvagia? Con l'aiuto degli amici Hermione, Ron, Hagrid ed Edvige, i giocatori frequenteranno le nuove lezioni per imparare gli incantesimi del secondo anno, grazie ai quali arriveranno a scoprire la vera identità dell'Erede di Serpeverde.
I giocatori si ritroveranno immersi in ambientazioni 3D fedelmente riprodotte e tutte da esplorare. Si caleranno nei panni di Harry Potter e indagheranno nel suo mondo. Conversando con fantastici personaggi come Mirtilla Malcontenta, facendo acquisti a Diagon Alley ed esplorando i tortuosi corridoi di Hogwarts, i giocatori saranno gli unici artefici del proprio destino all'interno del mondo di Harry.
Naturalmente, Harry potra lanciare incantesimi contro i suoi nemici. Attenzione, pero: questi incantesimi devono essere eseguiti alla perfezione, altrimenti potrebbero avere conseguenze comiche o... tragiche! I mini-giochi all'interno dei livelli possono essere rivisitati all'infinito, permettendo ai giocatori di aiutare la signora Weasley a ripulire il suo giardino dagli gnomi o di sfidare gli altri studenti nel Club dei Duellanti del professor Allock.