EX Troopers include una modalità competitiva a squadre con i giocatori, divisi nei classici team blu e rossi che si affrontano nel simulatore dell'accademia spaziale.
L'obiettivo, ovviamente, è quello di eliminare i nemici più velocemente possibile. Su PlayStation 3 la modalità è giocabile online e include il supporto integrato per la chat vocale. Su 3DS il multiplayer è esclusivamente locale, via Wi-Fi.
