Il concept alla base di Captain Toad: Treasure Tracker era nato con finalità diverse, nella mente del director Shinya Hiratake, che voleva utilizzarlo per un episodio di The Legend of Zelda. Hiratake e il suo team realizzarono addirittura una piccola tech demo di un diorama con Link come protagonista e la presentarono a vari dirigenti Nintendo.
"Dobbiamo aver fatto davvero un ottimo lavoro con la demo", ha detto Hiratake, "perché durante la nostra presentazione Mr. Miyamoto ci ha chiesto se avevamo intenzione di mettere in produzione quei diorama. Pensava gli stessimo proponendo un vero e proprio product design." L'idea del gioco in stile diorama con Link fu accantonata durante quel meeting, ma Miyamoto sostenne che quel concept aveva del potenziale e il team poté elaborarlo per inserirlo poi in Super Mario 3D World sotto forma di minigame. Dopo l'uscita del gioco, lo stesso Miyamoto entrò di nuovo in contatto con il team e lo incoraggiò a espandere il concetto del minigame Toad Tracker per farne un titolo completo.
Fonte: Game Informer