All'inizio furono in molti a chiedersi perché Sam avesse tradito in qualche modo la NSA e si fosse dato al crimine. Poi, con l'arrivo del gioco, tutto è stato chiarito: dopo l'ultimo episodio, 'Chaos Theory', Sam ha subito un lutto terribile, la perdita della sua unica figlia, Sarah; a quel punto ha iniziato ad accettare missioni sempre più rischiose e complicate tanto che il suo amico Lambert arriva al punto di sospenderlo e dargli un lungo periodo di pausa. Dopo diverso tempo, però, Lambert si ripresenta a Fisher e gli propone una missione con compiti che fino ad allora erano stati estranei al modo di operare dell'agente splinter cell, ovvero quello di riuscire ad entrare a far parte della JBA, un'organizzazione terroristica pericolosissima, di riferire, di volta in volta, alla NSA le varie informazioni raccolte, con l'intento di riuscire a sgominarla dall'interno dopo aver conquistato la loro fiducia. Ovviamente, come da copione delle migliori spy story, in caso di fallimento l'NSA negherà ogni proprio diretto coinvolgimento nell'intera vicenda.
Ecco quindi spiegato il nuovo Sam Fisher in 'versione' carcerato che inizierà il gioco proprio da recluso, all'interno di una cella di un carcere di massima sicurezza e da dove potrà fuggire soltanto dopo aver contattato e liberato a sua volta Jamie Washington, un altro detenuto che fungerà da punto di contatto con l'organizzazione criminale JBA. Una volta riuscito ad uscirne, Sam diventerà a tutti gli effetti un agente infiltrato NSA che contemporaneamente dovrà portare a termine compiti per la JBA. Durante tutte le missioni che ci verranno assegnate, riceveremo incarichi da entrambe le fazioni e a seconda di quali porteremo a termine, manterremo la fiducia di una parte piuttosto che dell'altra, con ovvie ripercussioni sull'andamento della trama e del gioco in generale.
Un nuovo punto di vista insomma che porta un po' di novità in una serie che ormai sembrava non aver più niente di nuovo da raccontare. Sarà nostra cura, infatti, durante tutto il gioco scegliere se mantenere un basso profilo nei confronti della JBA e portare a termine solo i compiti meno 'sporchi' oppure diventare a tutti gli effetti dei veri terroristi e passare dalla parte dei cattivi. Al contrario, potremo rimanere fedeli alla vecchia formula di gioco e cercare di impersonare a tutti gli effetti un agente infiltrato NSA, sgominando la JBA dall'interno e passando tutte le informazioni che entreranno in nostro possesso a Lambert e soci. Siamo di fronte, dunque, ad una formula di gioco tutta nuova che non vediamo l'ora di provare, per poter dire se questa scelta coraggiosa compiuta da parte di Ubisoft abbia colto o meno nel segno.
