In Mortal Kombat Trilogy tutti i combattenti dei primi tre Mortal Kombat ritornano per l'ultima battaglia. ptremo utilizzare Kano, Reptile, Mileena, Kung Lao, Shang Tsung, Sindel, Sketor, Stryker, Nightwolf, Sheeva, Kitana, Scorpion, Sonya, Smoke (Cyber Ninja), Rain, Jade, Baraka, Johnny Cage, Ermac, Noob Saibot, Sub-Zero (Unmasked), Sub-Zero (Classic), Jax, Rayden, Cyrax, Liu Kang, Smoke (Human), Kabal, Goro, Kintaro, Motaro, or Shao Kahn.
Come per i predecessori si tratta di un gioco di combattimento uno contro uno, con aggiunta la possibilità di affrontare un proprio amico tramite connessione alla rete (fattibilie solo per la versione Windows).
