Phantasy Star Adventure vi mette nei panni di un agente di Paseo su Motavia. Un giorno, nel dicembre 1268 A.W., ricevete una lettera alla base, inviata da Ken Miller, uno scienziato vostro vecchio amico, immigrato su Dezolis anni prima. Nella lettera, afferma di aver fatto la scoperta del secolo.
Scoprirete che il vostro amico ha costruito una macchina che può rendere l'essere umano immensamente forte. Il problema è che il Dr. Miller è stato rapito assieme all'invenzione,e voi assieme a sua sorella Laila dovrete risolvere il mistero.
Il gioco è un gioco di avventura nell'universo di Phantasy Star, dove dovrete interagire scegliendo opzioni come Guarda, Parla, Muoviti, con puzzle, esplorazione e dialoghi.
