La situazione di Metal Gear Solid Snake Eater 3D è alquanto confusa, secondo quanto riferito da alcuni membri dello staff di Kojima Productions.
Intervenuti sul podcast ufficiale del team di sviluppo, sia Sean Eyestone che Christopher Johns hanno illustrato come il titolo in questione sia lungi dall'essere ben definito. Si tratta, a quanto pare, di un tentativo, un esperimento mostrato al pubblico per testare il potenziale della nuova console Nintendo e vedere le reazioni dei videogiocatori. Non c'è, a quanto pare, nulla di stabilito per quanto riguarda struttura di gioco e storia alla base del progetto.
Tuttavia, Konami ha voluto specificare che il titolo esiste, e si tratta di una "produzione completa". Restano tuttavia i dubbi sulla sua entità: Eyestone e Johns hanno riferito di stare attualmente "testando il terreno per vedere cosa sia possibile fare con Nintendo 3DS e vedere come reagiscono i fan", esortando tutti a riferire commenti, consigli e desideri direttamente a Kojima Production su come il gioco debba essere strutturato e quali possano essere i suoi contenuti. Un'iniziativa lodevole, ma che pare mostrare lo stato ancora estremamente embrionale del progetto, che se non era per la precisazione di Konami poteva sembrare a questo punto destinato semplicemente ad essere una demo tecnica.