A Brink Island
Dopo il video iniziale che vi rivela come siete giunti sull'isola e perché avete bisogno del Green Eco, procedete all'esplorazione dell'area in cui vi trovate. Gli esseri simili ad armadilli che popolano queste terre, lasciano al suolo del Dark Eco che vi sarà presto utile per acquistare degli upgrade. Potete trovarne un esemplare appena oltre l'arcata che vi si apre di fronte all'inizio del gioco. Per raggiungere il ponte dovete però prima balzare sulla roccia, sconfiggendo lungo la strada gli armadilli che vi attaccano. Oltre il ponte, usate il triangolo per afferrare il masso e la rapida pressione contemporanea di L1 e R1 per liberarvi il passaggio. La piattaforma successiva è lontana, così seguendo il consiglio di Daxter eseguite un doppio salto col quale superare il baratro. Dopo alcuni scontri con gli armadilli la telecamera indugia su un cristallo. Avvicinatevi per raccoglierlo, poi tornate sui vostri passi e portatelo a Keira. La strada verso il vostro mezzo però è bloccata: gli armadilli hanno abbattuto il ponte. Usate allora il palo per ondeggiare e superare il vuoto. Il cristallo scoperto converte Dark Eco in Green Eco. Keira si occupa dunque di allestire il processo produttivo mentre voi vi occupate del mezzo di trasporto. Seguite le direttive di Keira riguardanti la programmazione dei comandi, poi occupatevi dei velivoli pirata. La mini mappa vi illustra la posizione dei nemici: il vostro compito è facilitato dal fatto che essi volano in gruppi di tre (ci sono tre gruppi in totale) e le munizioni della vostra mitragliatrice sono infinite. Dopo aver ucciso i primi nove, arriva un secondo gruppo di pirati, questa volta composto da diciotto unità e in grado di rispondere al fuoco. Quando avrete vinto anche questo scontro aereo, potrete atterrare e ricevere le congratulazioni.
Aeropa
Prima di recarvi a colloquio con Keira e dare così avvio alle missioni di questa area potete lasciare l'hangar ed esplorare liberamente Aeropa così da familiarizzare coi luoghi. Scorgete in giro per il livello alcune Orb Challenge: non tutte sono accessibili al momento. Per poterle affrontare tutte dovrete disporre degli Eco Powers in Hero Mod.
Quando ne avete abbastanza tornate da Keyra e chiedetele di poter spendere del Dark Eco per acquistare gli upgrade. Dopodichè cercate Duke Skyheed e parlate con lui. Durante la scena di intermezzo che segue vi viene assegnato il compito per questa sezione, ovvero completare la Danger Course. Dirigetevi dunque verso di essa ed effettuate qualche prova di tiro con il Blaster che potete ora aggiungere alla Gunstaff. La Danger Course è composta di tre sezioni. La prima somiglia alle esercitazioni di tiro dei film o ai vecchi videogiochi da sala: delle sagome fisse escono casualmente da delle posizioni prefissate ed il vostro compito è colpire quelle raffiguranti dei pirati e lasciare intatte quelle che riproducono persone vestite di rosso con le mani alzate. Qualora colpiate i civili inermi il vostro punteggio subirà una penalità. Fate attenzione alle luci per sapere da dove sta per uscire una sagoma. Dopo alcune stanze e due corridoi arrivate allo stage finale di questa prima sezione. Sfruttate gli scudi metallici come protezione e curatevi di correre in una sola direzione quando uscite per sparare, perché se vi fermate o cambiate direzione finirete quasi sicuramente colpiti. Al termine dello scontro entrate nella sfera verde: vi verrà mostrato il vostro punteggio e se sarà sufficiente verrete condotti alla sezione successiva, altrimenti dovrete ripetere la prova.
Nella seconda parte della Danger Course dovete colpire le piattaforme di fronte a voi, passando sopra i tapis roulant, così che raggiungano una posizione che vi consenta di sparare ai bersagli. Una volta saliti sulle piattaforme queste non tornano alla posizione originaria, perciò potete sparare con calma. La piattaforma che scorgete ai lati dei tapis roulant è l'accesso a un passaggio laterale, imprescindibile se volete ottenere un "oro" o "argento" come risultato della prova.
La terza sezione mantiene le stesse dinamiche della prima con una difficoltà lievemente più alta.
Terminata la Danger Course, Daxter cade in un buco e subisce una trasformazione. Avanzate uccidendo le creature e lanciate nei buchi i ragni così che creino delle piattaforme di ragnatela per consentirvi il passaggio, oppure usateli per intasare i macchinari. Tenete d'occhio il misuratore di Dark Eco poiché per superare le barriere è necessario che segni il livello massimo. Per fermare le mitragliatrici che vi sparano contro invece dovete effettuare un Ground Slam sulle loro batterie al suolo. Al termine di questa sessione Daxter ritorna al suo aspetto canonico: a voi non resta che tornare da Skyheed e Ruskin per osservare il filmato che conclude il livello ed introduce il successivo.
Pirate Chase
Andate all'hangar ed iniziate l'inseguimento dell'aereo del pirata. Vi dovete districare in un tunnel vulcanico evitando sia le rocce incandescenti che vi cadono addosso, sia i droni a terra che sparano verso di voi. Ricordatevi che Keira è a bordo del velivolo nemico che inseguite, perciò nel caso l'abbatteste uccidereste anche la vostra amica venendo dunque costretti a ripetere la missione. Usciti dal tunnel viene indicato a video il pulsante da pigiare per far sì che il vostro personaggio si aggrappi al mezzo nemico: rimanete agganciati finché Daxter riesce a raggiungere il mezzo nemico e al quel vi verrà chiesto di sabotarlo tramite un minigioco. Dopo aver spento i motori venite attirati in un altro tunnel, dove oltre ai nemici già affrontati dovete affrontare anche il pericolo causato dai getti di vapore bollente. Per spegnere quest'ultimi dovete sparare ai bersagli che si trovano sul lato. Come in precedenza all'uscita dal tunnel affrontate una sessione di sabotaggio in cui disattivate gli Air Speed Mod del nemico. Riprende quindi la sessione di volo nel tunnel, intervallata da un altro minigioco. L'ultimo tunnel si conclude invece nei pressi di una cascata dove i vostri personaggi subiscono un'imboscata che li fa precipitare nuovamente su Brik Island.
Brik Island II
Avanzate oltre la porta e guardate dietro di questa per raccogliere la Scattered Gun. Superata la collina usate i pali per poter proseguire, quindi arrampicatevi fino a giungere in cima alla piattaforma su cui si trova il Precursor Idol. Ricevete da lui il vostro primo potere, Eco Amplifier che potete subito provare distruggendo i massi sulla destra, così da scoprire cinque sfere dell'Idolo dietro di essi. Tornate sulla piattaforma dell'Idolo e rompete questa volta i massi sulla sinistra. Compaiono alcuni robot che dovrete distruggere prima di procedere nell'avanzata. A breve arrivano altre due ondate di robot: dopo averli distrutti balzate sul piano sopraelevato da cui sono giunti per raccogliere un potenziamento utile alla vostra salute. Oltre il pilastro incontrate una nuova tipologia di robot, dotata di un'arma con cui essi possono spararvi addosso. Il colpo di laser è anticipato da una luce rossa sull'arma, ciò vi conferisce la possibilità di intuire le loro mosse ed evitare così gli spari. Spostato il pilastro entrate in una vallata da attraversare tutta di corsa per evitare di rimanere schiacciati dagli alberi che i robot vi fanno crollare addosso. Salite poi sul percorso di mattonelle che si apre al termine della vallata: per liberare la mattonella su cui balzare dovrete distruggere il masso che la copre con l'Amplifier. Dopo un breve scontro con dei robot sulla cima della collina, dovete correre nuovamente attraverso una valle fino a giungere ai piedi di un campo di forza. Per abbatterlo dovete affrontare un minigioco che si avvia solo dopo aver distrutto le tre ondate di robot che vi si gettano contro. Avanzate ed ascoltate attentamente ciò che il pazzo in cui vi imbattete ha da dirvi durante la scena d'intermezzo. Prima di aprire la serie di porte in legno, aprite il baule che giace vicino alla prima e raccogliete un altro potenziamento. Oltre il ponte dovete nuovamente parlare col Precursor Idol per ricevere un altro potere, Construct, che dovete utilizzare subito per creare un gradino di fronte al cristallo. Distruggete i robot che compaiono e, sempre usando il nuovo potere, createvi un passaggio sopra la pozza di lava. Oltre la lava affrontate Uber-Bot 888.
Questo primo scontro con un boss avviene in due parti. Durante la prima un'armatura protegge Uber-Bot 888, perciò potete colpirlo solo usando l'Amplifier. I suoi attacchi sono limitati a due varianti: un salto che provoca un terremoto all'atterraggio e delle lame che scaglia nella vostra direzione. Per evitare il primo vi basta saltare al momento dell'impatto; badate che la sua ombra vi suggerisce il luogo dove atterrerà. Le lame invece possono essere semplicemente scansate. Quando la sua armatura cade al suolo seguitelo. Ora vi agita contro delle lame che dovete colpire con il Construct. Rotte entrambe le lame inizia a sparare un raggio arancione dal petto, deviabile con l'Amplifier. Continuate imperterriti a colpirlo ed evitare i suoi attacchi, anche quando i laser raddoppiano, finché la sua barra d'energia non si azzera.
Al termine dello scontro usate il suo POD per tornare all'hangar, svoltando a sinistra oltre l'albero. Entrate nel Hellcat e montate sulle torrette per sparare alle navi pirata, bucando i loro serbatoi. Quando le avrete distrutte avrete il permesso di atterrare. Salite sul ponte e parlate col capitano, dopodichè tornate nel hangar e comprate degli upgrade per la vostra nave e per la nave pirata di cui siete ora in possesso. Tornate ora sull'isola con un velivolo e raggiungete la porta per il vulcano. Salite fino all'Idolo facendovi strada con l'Eco Construct: il vostro dono questa volta è l'eco Rocket Jump Power. Usatelo subito sulla ventola, poi ancora su quella superiore fino ad arrivare al baule in cima al monte che contiene un'armatura. Avanzate ed ascoltate l'idea di Phoenix. Superate la piattaforma ed ondeggiate sui pali fino al pilastro, preoccupatevi di non cadere quando la parte scura di pavimento crollerà, poi spostate il pilastro e raccogliete il cristallo. Superate i baratri con il Construct mentre vi liberate degli armadilli sputafuoco. Oltre un gruppetto di robot c'è una ventola che vi consente di raggiungere la cima della collina. Il livello della lava però cresce, impedendovi di tornare indietro. Uccidete gli armadilli e superate il baratro col Construct, poi usate i pali per raggiungere la ventola che vi consente di saltare via, non prima però di aver raccolto il contenuto delle scatole. Alternando Construct e Rocket Jump procedete mentre la lava sale nuovamente. Avanzate fino a raccogliere il Seeker. Usate la ventola ora per tornare all'Idolo e da lì al hangar. Al termine della scena andate a parlare con Keira.
Far Drop
Raccogliete il Vulcan Fury Mod per la Gunstaff, poi volate a Far Drop e parlate con Carter. Avanzate ed inseguite la scimmia messa in fuga dalla vostra presenza fino all'arrivo dei nemici. Uccideteli e superate i due ponti: sul secondo le anguille vi tendono un'imboscata. Raggiungete il punto verde sulla mappa ed impedite alla barra che appare a video di esaurirsi completamente attaccando le anguille. Usate la Aeropulta per arrivare al generatore. Fatevi strada col Construct fino alla sala di controllo, uccidete i mutanti all'interno e premete l'interruttore. Quindi andate a colloquio con il Precursor Idol e ricevete l'Eco Reflex Power, il quale vi è subito utile per rallentare le piattaforme e poter raggiungere così la presa d'aria che vi riporta alla piazza. Seguite nuovamente la scimmia e sconfiggete il primo gruppo di anguille. Rallentate la piattaforma col Reflex e state pronti ad affrontare altre due anguille prima di poter raggiungere la piattaforma successiva. Procedete tra piattaforme e anguille fino all'Aeropulta che vi riporta alla piazza: questa volta la scimmia si dirige all'orfanotrofio. Prendete l'ascensore aiutandovi col reflex, scalate le scatole e balzate sulle piattaforme rallentando quelle troppo veloci fino all'orfanotrofio. Ritornate infine alla piazza principale via Aeropulta, osservate la direzione della scimmia e seguite i suoi passi nuovamente. Giunti a destinazione uccidete i mutanti ed usate il Construct sul Green Eco Crystal per colpire quelli nel container. Ripetete l'operazione una seconda volta, poi dopo il pieno di salute e munizioni tornate alla piazza per uno scontro con un boss.
Dark Eco Monkey è il vostro avversario. Schivate i suoi tentativi di afferrarvi così che cada per terra e possiate affondare qualche colpo. Se riesce però ad afferrarvi sappiate che dovrete superare un minigioco per liberarvi. Dopo alcuni tentativi la scimmia si rifugia in un angolo mentre alcuni barili rotolano verso di voi. Evitateli mantenendo alta la concentrazione, perché appena i barili saranno passati, la scimmia tornerà alla carica cercando di prendervi. Questa dinamica si ripete finché non riuscite a sconfiggerla.
Al termine dello scontro raggiungete il punto verde sulla mappa dove, in seguito a un dialogo, ha luogo una rissa da bar che vi vede protagonisti. Non potete usare armi, ma i poteri Eco funzionano ugualmente. Non che servano a molto, ma sono sufficienti un paio di pugni a testa per stendere i pirati. Ad ogni modo vi vengono conferiti dei nuovi poteri Eco durante lo scontro e in aggiunta a ciò, nelle casse lì presenti potete trovare dei potenziamenti per la salute. Tornate a Phantom Blade quando avrete finito e dopo la chiacchierata con Phoenix dirigetevi alla Abandoned Reserch Rig.
Research Rig
Usate il velivolo che più vi aggrada per raggiungere quest'area. Superate le piattaforme e i pali ed oltrepassate la porta per raggiungere il Precursor Idol il quale vi conferisce il Teleport Power. Subito dopo dei mutanti vi attaccano, perciò uccideteli ed aprite la porta per proseguire. Giunti nell'area successiva vi accorgete che il percorso verso l'Idolo è ostacolato da alcune tubature, perciò vi serviranno alcuni teletrasporti per raggiungerlo. Superate la barriera per affrontare dei mutanti la cui sconfitta fa sì che la porta si apra e una scena d'intermezzo abbia inizio. Strappate dunque la scatola dei fusibili per aprire la porta, salite sulla sinistra ed usate il teletrasporto per posizionare un Idolo sul pulsante, poi fate la stessa cosa per il tasto sulla destra ed osservate ora le piattaforme muoversi. Saltate sulla prima libera che vi si avvicina e usate il teletrasporto per oltrepassare la barriera. Mentre state sul pulsante assicuratevi ora che l'idolo oltrepassi la barriera, quindi usate nuovamente il teletrasporto per tornare sulla piattaforma da cui siete arrivati e da lì oltrepassate il cancello per raggiungere le tubature che sovrastano una vasca. Usate il Rocket Jump sullo Yellow Eco che fuoriesce, come se fosse una ventola, per arrivare fino in cima alla stanza e da lì passate alla successiva. Il ponte viene distrutto mentre voi vi passate sopra, perciò sarà necessario usare il Construct per farvi strada. Il crollo della passerella non è la sola sorpresa che vi attende ora: scendono infatti dal cielo diverse ondate di ragni, ciascuna più numerosa della precedente e solo la loro completa eliminazione consente la discesa di una nuova passerella su cui procedere. Oltre la porta superate il container mobile, uccidete i mutanti e spostatevi sulla sinistra dove si trova l'Eco Crystal che potete però raggiungere solo usando il Construct. Prendetevi il vostro tempo, poi tornate al suolo ed uccidete i ragni in cima alle costruzioni. Fatto ciò potete tornare al cristallo e da lì, grazie al Construct, costruirvi un passaggio oltre le costruzioni che vi porti fino a un baule contenente un'armatura. Da lì, sempre usando il Costruct, è possibile raggiungere anche le sfere sulla sinistra visibili dalla zona del cristallo. La porta vicino al baule vi conduce ora nella sala di controllo dove vi attende Keyra. Mentre lei si occupa di riattivare la console dei comandi a voi tocca il compito di proteggerla, scontrandovi coi mutanti che entrano nella stanza. Le casse sparse nei dintorni contengono munizioni ed energia. Quando li avrete uccisi tutti, viene visualizzata una scena d'intermezzo al termine della quale riprendete il controllo del personaggio: per prima cosa distruggete il computer sulla destra, poi occupatevi dei nemici ed avanzate. Nella sala in cui giungete in seguito potete modificare la pozione delle batterie per usare il laser a vostro vantaggio: da sinistra a destra posizionatele nella seguente polarità così che il laser distrugga le barricate: meno - più - meno. Entrate ora in Frenzy per poter abbatter la porta e passare indenni attraverso il fuoco. Uscite dal Frenzy e scagliate il primo ragno che vi capita a tiro nel buco sulla sinistra, così che la fessura venga riempita di ragnatela. Uccidete un secondo ragno, poi proseguite sulla ragnatela dopo aver girato la batteria di sinistra. Uccidete tutti i ragni nella nuova stanza e questa volta girate entrambe le batterie. Nella stanza successiva entrate in Frenzy e sfruttate il fuoco per liberarvi di nemici e tele, girate la batteria e distruggete il computer, poi muovetevi sul retro del laser e liberatelo delle ragnatele. Schiacciate ora una prima volta l'interruttore per oltrepassare le barricate, poi una seconda per uscire e avanzare verso l'ultimo laser. Dopo aver ucciso tutti i nemici muovetevi in senso antiorario per arrivare alle spalle del laser e poter così manomettere le batterie: dirigetevi poi verso le altre batterie al centro della sala e quelle all'esterno per rimuovere i blocchi. Invertite una seconda volta quelle esterne e entrate nell'ascensore: ciò avvia una scena d'intermezzo.
Tornate ora a Phantom Blade e chiacchierate con Keira la quale vi fa dono del Lobber Gun Mod.
Barracks
Dalla zona d'atterraggio dirigetevi subito sulla sinistra verso il Precursor Idol per ottenere l'Eco Shield. Avanzate oltre la porta aperta dal naufrago e rimuovete i fusibili per abbassare il campo di forza. Usate lo Shield appena ottenuto per avanzare indenni fino alle anguille: mentre usate lo scudo non potete sfruttare i pugni o altri attacchi fisici, perciò non vi resta altro da fare che ricorrere allo sparo. Aprite la porta che si para ora di fronte a voi e proteggetevi con lo Shield per superare il Dark Eco. Uccidete la guardie che sopraggiungono e avvicinatevi alle piscine di Dark Eco. Quando compare l'idolo alzate lo Shield e teletrasportatevi così da scambiare la vostra posizione con la sua, poi fatelo nuovamente per scambiare una seconda volta la posizione. Avanzate e uccidete il gruppo, più numeroso, di guardie che vi viene incontro. Per superare la piscina di Dark Eco usate ancora il teletrasporto come fatto in precedenza. Il muro che ora vi blocca può essere abbattuto con l'Amplifier. Uccidete i nemici che sbucano da dietro il muro e il gruppo successivo che vi attacca quando aprite la porta. Un'altra doppia porta nasconde un agguato, superato il quale dovete proteggervi con lo scudo per oltrepassare il Dark Eco. Giunti di fronte al labirinto fermatevi sopra il pulsante e da lì attivate il teletrasporto per accedervi. Procedete fino a raggiungere uno spiazzo più ampio della norma, lì girate a sinistra, salite sul pulsante e teletrasportatevi, così che un campo di forza si abbassi consentendovi di osservare l'idolo. Teletrasportatevi nuovamente, poi stando sul pulsante scambiate la vostra posizione col secondo Idolo: fatto ciò potete tornare verso il primo Idolo. Girate quindi a destra verso l'altro Idolo e, una volta raggiunto, girate a sinistra per raggiungere le porte. Sulla destra usate l'Amplifier per farvi strada e lo Shield per passare indenni attraverso il Dark Eco. La creatura che si staglia all'interno della stanza non può essere colpita per ora. Dedicatevi dunque agli altri nemici fino ad averli uccisi tutti. La creatura allora provvede a rianimarli, ma così facendo, scende distanza di tiro, consentendovi di colpirla. Dopo aver liberato la stanza la vostra destinazione è la porta che presenta delle righe verdi. Dopo la spiegazione contenuta nel filmato raccogliete la Cohordinate Sphere e dirigetevi verso l'hangar da cui spiccate nuovamente il volo verso Phantom Blade. Sparate alle torrette che vi bersagliano in volo, dopodichè Jak lancia Daxter sul missile in avvicinamento per invertirne la rotta e dirigerlo sul lanciamissili. Prima di poter atterrare dovete distruggere altre due postazioni missilistiche in questo modo, districandovi tra gli spari delle mitragliatrici.
Far Drop II
Volate a Far Drop, entrate nella taverna e parlate con la pirata in possesso della sfera: dovrete combattere per ottenerla. La caratteristica principale del boss è la sua velocità. In aggiunta non vi è concesso l'uso delle armi, perciò dovete affrontarla facendo affidamento solo sui vostri colpi. Dopo averle tolto un pò d'energia, la pirata si defila, scagliandovi contro prima alcuni scagnozzi, poi delle bombe. Usate poi il Reflex quando, saltando di tavolo in tavolo, vi spara contro. Questa dinamica fatta di alternanza tra spada, scagnozzi e bombe si ripete per altre due o tre volte a seconda di quanta energia riuscite a sottrarle in ciascuna sessione di lotta. Quando intervengono i laser saprete che lo scontro sta volgendo al termine.
Sector Zero
Volate nel Vortex e districatevi tra le mine e le navi pirata. Temete soprattutto quelle in formazione, poiché tutte insieme sono in grado di lanciare un grasso raggio verde difficile da scansare. Evitate anche i pirati fantasma che cercano l'arrembaggio saltando fuori dalle navi. Una volta raggiunta la sfera uscite dal Vortex, dove vi attende il Behemoth.
Inizialmente il Behemoth vi scaglia contro i detriti che fluttuano, caricandoli col Dark Eco. Schivateli, ovviamente, mentre attendete che alcuni nodi energetici diventino vulnerabili per poter infliggere i primi colpi al boss. Ciò fa però infuriare il Behemoth, il quale ora scaglia detriti sia verso di voi, sia verso il Phantom Blade, che è vostro compito difendere. Sfruttate quindi l'apertura ed entrate nel Behemoth per distruggere i computer all'interno. Infine il nemico ricorre alle ultime due armi in suo possesso: droni volanti e un campo di forza. I droni bersagliano sia voi sia il Phantom Blade, perciò prestate attenzione. Quando il Behemoth batte in ritirata tornate sul ponte da Keira. Dopo il colloquio delle navi, tornano ad attaccarvi, perciò distruggetele mentre vi dirigete alla grossa torretta al centro della nave che dovete manovrare. Alternatevi tra la nave e la torretta a seconda dei nemici che vi vengono incontro, finchè non abbattete il Behemoth. Parlate con Keira e tornate al Research Rig.
Research Rig II
Lasciate l'hangar e dedicatevi ai tre generatori che mantengono il campo di forza. Prima di tutto però mirate verso l'hangar al di sotto del generatore evidenziato, così da impedire che i danni da voi provocati vengano riparati. Sparate allora alle navi ed infine ai generatori. Dovrete ripetere la stessa operazione di distruzione di hangar, navi e macchinario per ciascuno dei tre generatori. Dopo il filmato all'interno del Research Rig potete tornare al Phantom Blade.
Far Drop III
Volate verso Far Drop e raggiungete la piazza principale, dove un Aeropan e delle mitragliatrici vi attendono. Sfruttate la piattaforma per superare il dirupo ed avanzate verso destra, uccidendo i soldati che vi vengono incontro. Saltate ora sulla piattaforma sulla sinistra, uccidete i nemici e dirigetevi verso la seconda piattaforma in mezzo alla corrente, poi usate lo Shield per raggiungere le scatole, oltre le quali vi attendono altri due Aeropan. Oltrepassate ancora una volta il campo di forza grazie allo Shield e distruggete la sfera nel centro che lo mantiene attivo, poi disfatevi dei nemici. Dopo che Barter vi avrà illustrato il suo piano difensivo rotolate giù per il percorso fino a incontrare un Aeropan, quindi ritornate da Jak. Saltate tra le piattaforme, svoltate a sinistra e proseguite di salto in salto fino alla gru. Entrate nel campo di forza grazie allo Shield e, dopo esservi disfatti dei nemici, ruotate la manopola così che il braccio lasci andare il container. Ritornate allora indietro fino alla corrente e raggiungete l'Areopulta per sbloccare la strada verso l'orfanotrofio. Dopodichè avanzate, ancora una volta attraverso un campo di forza contenente nemici, finché non vi trovate di fronte a una bomba: raccoglietela con la Aeropulta e posizionate quest'ultima sul bordo. Percorrete tutto il percorso usando lo Shield mentre cercate di evitare i barili che vi cadono addosso. Arrivati alla nave degli Aeropan posizionate la bomba, quindi fuggite attraverso la barriera verso l'hangar. Tornati in volo dovete affrontare nuovamente il Behemoth. Distruggete i tre cristalli che emergono dalla sua schiena mentre tenete a bada le navette che cercano di ostacolarvi e avrete superato anche questo secondo scontro. Fate infine ritorno al Phantom Blade.
Barracks II
Entrate nell'edificio e svoltate verso la stanza a sinistra. Dopo che Daxter si sarà trasformato in Dark Daxter nel filmato voi svoltate a destra appena riprendete il controllo del personaggio. Entrate in Frenzy per oltrepassare il fuoco, quindi usate il fuoco stesso per liberarvi delle bombe. Proseguite uccidendo gli Aeropan e colpendo le batterie fino ad arrivare di fronte a una stanza al cui interno impazza il fuoco. Girate le batterie ed aggirate la stanza in senso antiorario, superando il fuoco in Frenzy, così da distruggere le barricate che ostacolano il vostro passaggio verso il gruppo di batterie che dovete distruggere. Di fronte a voi si para ora un sensore rosso che va attivato scagliandovi contro un Aeropan. Ciò apre una porta: varcatela e premete il pulsante, poi in Frenzy proseguite verso il secondo pulsante da premere. Scagliate due Aeropan dentro gli scanner, proseguite ancora in Frenzy dentro il fuoco per raggiungere un altro Aeropan con cui attivare il sensore. Il fuoco raccolto fino ad ora vi serve per abbattere le barricate che vi impediscono l'accesso alla porta sulla destra. Scagliate infine un altro Aeropan nel sensore sulla destra e proseguite verso la porta. Un filmato ricongiunge Jak e Daxter al termine della missione.
Aeropa II
Prima di avanzare raccogliete il potenziamento dal baule sulla sinistra, poco dopo l'inizio del livello. Oltrepassate quindi i laser grazie allo Shield e raggiungete il gruppo di Aeropa da uccidere. Il velivolo che irrompe nell'edificio crea un passaggio che vi consente di proseguire. Arrampicatevi dunque e giunti nei pressi del fuoco usate il Construct per passare oltre. Sulla sinistra usate i pali per raggiungere la ventola che vi permette di usare il Rocket Jump oltre il margine. Sfruttate le piattaforme mobili senza farvi gettare nel vuoto dal braccio rosso, dopodicheèusando il Construct, raggiungete la console di controllo delle armi. Alcuni Aeropa sopraggiungono a darvi noia. Liberatevi di loro ed uscite dalla sala. Dovete ora scalare l'edificio diroccato usando il Construct e il Rocket Jump. Raccogliete gli aiuti dal baule, poi saltate all'interno del palazzo dove affrontate un nuovo boss.
Il Dark Mutant si tiene a breve distanza da voi, ma è possibile liberarsene velocemente. Attivate per prima cosa l'Eco Shield, dopodichè usate la Lobber per colpirlo finché avete munizioni. Quando rimarrete a corto di proiettili la barra d'energia del boss dovrebbe essere oramai svuotata: terminate l'opera usando la Scatter Gun.
Al termine della battaglia incontrate Keira. Fate rifornimento di munizioni e salute, acquistate potenziamenti se volete, dopodichè prendete l'ascensore e dirigetevi verso lo scontro con Skyheed.
Questa battaglia è decisamente più ostica rispetto a quella appena terminata. Skyheed è in grado di assorbire molti più colpi del Dark Mutant, ma anche in questo caso la Lobber si rivela l'arma più efficace. Tuttavia un modo meno dispendioso per ridurre la sua barra della salute consiste nello zigzagare mentre vi insegue facendolo finire addosso ai pilastri. A breve Skyheed monta su un velivolo ed inizia a bersagliarvi dal cielo. Nascondetevi dietro un pilastro per proteggervi, ma osservate i suoi movimenti poiché al termine dell'assalto cercherà di colpirvi scagliandovi addosso l'aereo. Raccogliete dal suolo i missili incastrati e lanciateglieli contro per far scendere ulteriormente la sua barra d'energia. Skyheed salterà nuovamente su un aereo quando la sua barra tocca il 50%. Evitate i suoi attacchi come prima e colpitelo nuovamente quando è al suolo, finchè non gli rimarrà solo un quarto di energia. A quel punto egli salirà sulla statua al centro dell'area e vi lancerà contro del Dark Eco. Oltre ad evitare i suoi lanci dovrete anche prestare attenzione a dove mettete i piedi, poiché il pavimento inizierà a sgretolarsi. Attendete dunque che torni al suolo e finitelo usando la Lobster o l'Amplifier, poiché è probabile che non siano rimasti molti pilastri..
Il filmato che segue vi introduce all'inseguimento della missione successiva.
Skyheed Chase
Non perdete tempo a sparare a Skyheed poiché non potete abbatterlo. Mantenete la concentrazione invece sulle sue traiettorie: seguitele come meglio potete, creandovi dei varchi con lo sparo dove credete di non riuscire a passare, ed evitate ovviamente i laser che vi scarica contro nel tentativo di seminarvi. Seguitelo attraverso i portali e sparate ai droni che sgancia: questi possono essere facilmente distrutti. Nei lunghi corridoi un braccio cercherà di interrompere la vostra corsa. Per toglierlo di mezzo colpite la sezione evidenziata, senza ovviamente perdere di vista Skyheed. Dopo la sezione dei corridoi arrivate in una stanza al cui interno dovrete evitare il Dark Eco che cola dai tubi colpiti da Skyheed. Dopo esservi districati tra condutture e droidi, fate ritorno, attraverso un portale, nella sala dove il braccio meccanico vi ostacola: anche in questa occasione la dinamica per fermarlo è identica al passaggio precedente. Seguitelo infine nell'ultimo tratto che altro non è se non quello iniziale percorso al rovescio ed atterrate sul Blade per avviarvi all'ultima sessione del gioco.
Research Rig III
Utilizzate tutti i pezzi di metallo rimasti per migliorare il velivolo di vostra scelta, dopodichè prendete il volo e preparatevi ad affrontare ancora il Behemoth. Inizialmente il nemico è protetto da un campo di forza, ma vi basta attendere che il Phantom Blade lo abbassi per poter bersagliare i cristalli esposti. Dopo averli distrutti occupatevi dei velivoli che fuoriescono mentre il Behemoth ricarica lo scudo. Distruggete cristalli e velivoli nemici finchè il cristallo non vi lancia all'interno del Vortex, da cui dovete uscire evitando i pezzi di Dark Eco che vi vengono addosso: più velocemente viaggiate, più piccoli saranno gli ostacoli.
Dopo gli eventi che riguardano il Phantom Blade illustrati nel filmato il Behemoth si ritrova con quattro grossi cristalli luminosi sulla schiena. Keira vi consegna ora un nuova arma con la quale infrangerli e distruggere così il Behemoth una volta per tutte.
Congratulazioni, avete finito Jak & Daxter: Sfida Senza Confini!