Ninja Gaiden: Master Collection poteva essere la raccolta definitiva per gli appassionati della serie Koei Tecmo, ma la scoperta che al suo interno si trovano i capitoli Sigma invece dei vecchi Ninja Gaiden Black e Ninja Gaiden 2 ha lasciato interdetti parecchi fan, tuttavia sembra che la spiegazione di questa scelta sia legata alla perdita degli originali.
La questione sembra piuttosto strana, ma il brand manager del Team Ninja, Fumihiko Yasuda, l'ha riferita di recente a Weekly Famitsu durante un'intervista: "Non abbiamo potuto recuperarli", ha ammesso candidamente, parlando dell'impossibilità di utilizzare i vecchi codici per riproporre Ninja Gaiden Black e Ninja Gaiden 2 all'interno della raccolta, optando dunque per i capitoli Sigma.
"Sono cosciente dei pro e dei contro", ha spiegato Yasuda nell'intervista sulla scelta intrapresa da Koei Tecmo di basare Ninja Gaiden Master Collection su Ninja Gaiden Sigma, Ninja Gaiden Sigma 2 e Ninja Gaiden 3: Razor's Edge, riportata da Kotaku. "Per quanto mi riguarda, Ninja Gaiden II ha rappresentato il mio debutto, dunque anche io ho dei sentimenti profondi per quel gioco, ma c'è stata un'altra ragione per questa scelta".
"Ad essere onesti, abbiamo solo dei frammenti dei dati originali relativi ai primi capitoli, non siamo stati in grado di preservarli e recuperarli interamente. Al contrario, quando abbiamo sviluppato Sigma Plus e Sigma Plus 2 abbiamo riorganizzato i dati in modo da conservarli bene. Per questo motivo abbiamo scelto di utilizzare i capitoli Sigma".
Curiosamente, dunque, il Team Ninja sembra non avere più i codici sorgenti di Ninja Gaiden Black e Ninja Gaiden II, con sommo scorno dei grandi appassionati della serie, che vedono in questi due capitoli ancora le migliori espressioni di Ninja Gaiden. Ninja Gaiden Black uscì originariamente nel 2005 sulla prima Xbox ed era una versione migliorata del primo Ninja Gaiden per la medesima console Microsoft. Ninja Gaiden 2, del 2008, è rimasto un'esclusiva Xbox 360 ed è considerato da molti il capolavoro di Tomonobu Itagaki.
