Sekiro: Shadows Die Twice utilizzerà un sistema di combattimento diverso rispetto ai precedenti titoli di From Software, e in un'intervista con Game Informer il lead game designer del gioco, Masaru Yamamura, ha spiegato come il protagonista utilizza la spada per affrontare gli avversari.
C'è stata una fase durante lo sviluppo di Sekiro: Shadows Die Twice in cui le meccaniche di combattimento apparivano troppo simili a quelle viste in Dark Souls e Bloodborne, dunque gli autori hanno deciso di cambiare mettendo al centro della scena la katana e il modo in cui può essere utilizzata per deflettere i colpi.
Questo tipo di approccio si basa fortemente sui riflessi e la reattività: usare la spada per deviare un colpo non apre un'ampia finestra temporale per poter mettere a segno un contrattacco, dunque bisogna essere molto rapidi e precisi nel leggere i movimenti dei nemici.