Anche Nintendo 3DS ha una sua versione di LEGO Batman 2: DC Super Heroes, che si mostra in questi nuovi materiali rilasciati nel corso dell'E3 2012.
In scala più piccola, il gioco ripropone alcune caratteristiche del fratello maggiore per le console domestiche, almeno per quanto riguarda la struttura e l'impostazione generale. Non è chiaro se anche in questo caso vi sia la possibilità di esplorare liberamente un'ampia città fatta di Lego, in ogni caso per quanto riguarda la realizzazione tecnica i risultati sono notevoli anche sul portatile Nintendo.
