Nintendo ha aggiunto un'interessante nuova caratteristica per Pokémon Rubino Omega e Zaffiro Alpha, le due versioni rivedute e corrette dei celebri capitoli Rubino e Zaffiro della serie sui mostriciattoli tascabili.
Si tratta della possibilità di costruire le basi segrete con l'opzione "Super Secret Base", in grado di sfruttare la connessione wireless StreetPass. Con questa modalità possiamo costruire delle basi segrete, personalizzarle con arredamenti particolari e farne palestre dove addestrare i Pokémon, o campi di battaglia caratterizzato da regole specifiche che possono essere decise liberamente.
In maniera simile a quanto accade con Animal Crossing, per fare un esempio, è possibile poi visitare le basi altrui, stabilire contatti con altri giocatori e combattere con questi o condividere materiali e creature. E' inoltre possibile "catturare le bandiere" presenti nei pressi di ogni base, che fanno salire il livello della propria squadra e garantiscono vari bonus.
