Rapture, evidentemente, non era stata pensata inizialmente come appare in BioShock.
Alexx Kay di Irrational Games sul sito del team spiega i cambiamenti attuati alle idee iniziali sul gioco nel corso dello sviluppo, mostrando alcune differenze sostanziali con il primo progetto. I nemici, prima di tutto, non dovevano essere umani: si doveva trattare di animali insettoidi, tutti immersi in un particolare ecosistema con rapporti di forze e funzioni differenti. In maniera simile a quanto fatto poi alla fine, ci sarebbero stati insetti raccoglitori di Adam, regine a cui andava portato l'Adam e protettori che potevano essere evocati da quest'ultime contro gli assalitori di vario tipo.
In sostanza, un sistema simile a quello che caratterizza la Rapture definitiva, ma con l'assenza totale dell'elemento umano, almeno in superficie. Gli umani si sarebbero infatti scoperti a poco a poco nel gioco, come parti integranti del sistema, completamente sottomessi agli insetti. Questi si sarebbero dovuti trovare all'interno di macchinari all'apparenza completamente meccanici, in verità controllati ad un livello più profondo da esseri umani mutati.
Ci sarebbe dovuto essere anche un particolare sistema di pressurizzazione che stabiliva una pressione atmosferica diversa per ogni zona del gioco, con effetti vari sui nemici presenti e sul protagonista, ma la cosa è stata poi eliminata per i problemi che comportava al livello di gameplay e soprattutto per la mancanza di un effetto visibile efficace per rendere il tutto. Una rimanenza di questa idea è visibile, dicono gli sviluppatori, nel momento di BioShock nel quale gli alberi di Arcadia tornano in vita.
Infine, invece della mappa come sistema di navigazione era previsto un Nav-Bot, una sorta di drone in grado di guidare il giocatore fino alla meta prestabilita.
