Esaminando un documento pubblicato da Irrational Games e relativo alle prime fasi di sviluppo, possiamo dedurre che l'idea originale di Bioshock era alquanto diversa rispetto alla versione definitiva del gioco.
Storia e ambientazione, tanto per cominciare, sarebbero dovute essere ben altre: il protagonista del gioco doveva essere un certo Carlos Cuello, un "deprogrammatore" inviato su una misteriosa isola chiamata Isla de Salvacion, nella quale un culto religioso ha preso il sopravvento. La nostra missione era di recuperare una ricca ereditiera dai fanatici di tale religione, con ogni mezzo possibile. Altra differenza fondamentale che emerge dalle pagine del documento è l'idea che il gioco dovesse essere ambientato in un'epoca contemporanea, cosa che sarebbe sicuramente risultata in un aspetto diverso rispetto al caratteristico "art deco" presente nel Bioshock che tutti conosciamo.
Ci sarebbe comunque stata una città subacquea, a quanto pare, e varie modifiche genetiche da sfruttare come armi. In questo terrificante connubio tra la ricerca tecnologica e scientifica e il fanatismo religioso, sull'isola degli orrori sono stati sviluppati dei particolari "genotypes", ovvero quelli che sono poi divenuti i "plasmidi": speciali modifiche genetiche in grado di alterare l'aspetto e le abilità di chi le usa. Secondo i documenti riportati, questi avrebbero portato a modifiche visive ancora più evidenti di quelle presenti in Bioshock, con la possibilità, ad esempio, di rendere fluido il corpo del protagonista.
Altre caratteristiche risultano decisamente simili a quelle viste poi nella versione definitiva, come la possibilità di "hackerare" i sistemi difensivi per distruggerli o farli funzionare a proprio vantaggio. Pare dovesse essere presente la possibilità diffusa di mosificare l'ambiente in maniera attiva - come controllare il livello di ossigeno o di umidità - in modo da ottenere vari effetti come l'intensificarsi delle esplosioni o l'aumento della nebbia. Presente in questa forma anche una sorta di multiplayer con uno "Story Based Deathmatch", un'opzione che in definitiva si è vista arrivare soltanto con il secondo capitolo della serie.
