Gex 3: Deep Cover Gecko è un gioco 3D che ha come protagonista la famosa mascotte Gex, agente segreto michiato nelle situazioni più assurde.
Questa volta, Gex deve salvare il suo amico X-Tra dalla sua nemesi Rez.
Per riuscire nell'impresa, Gex dovrà collezionare telecomandi da ogni mondo, aprendo nuovi livelli.
Il gioco contiene molte caratteristiche che lo differenziano dal platform tradizionale, come ad esempio la caratterizzazione di ogni livello con temi immediatamente riconoscibili da vari giocatori.
Gex può inoltre imparare varie abilità basate su questi livelli, che renderanno ogni paritta differente dalla precedente.
