Il mondo di Yoshi è stato trasformato in un libro di disegni, e il Super Happy Tree è sparito! Chi potrebbe essere stato così perfido da prendere tutto il potere di Yoshi? Baby Bowser, senza dubbio.
Ora gli Yoshi devono prendere i loro sei babies e andare a mangiare molta frutta, diventare potenti e ristabilire l'equilibrio nel mondo.
Inizierete come uno degli Yoshi, esplorando l'isola o nello Story mode o nel Trial mode.
Il gioco è diviso in sei pagine, e dovrete collezionare 30 pezzi di frutta per girare ogni pagina.
Per ottenere la frutta, Yoshi dovrà nuotare, camminare, correre, colpire oggetti, saltare sui nemici e colpire per terra. Si dovranno inoltre ingoiare i nemici, che trasformandosi in uova ci permetteranno di trovare percorsi nascosti, oggetti o altri segreti.
Vi sono 24 livelli in tutto, ma per trovarne alcuni dovrete tornare indietro.