Il grande successo riscosso dall'edizione standard non ha fermato GungHo Online Entertainment dal rilasciare anche una versione gratuita di Puzzle & Dragons X, nuova versione del celebre puzzle con elementi RPG e mostri collezionabili per Nintendo 3DS.
Esce dunque in Giappone la versione free-to-play del gioco, chiamata Battle Puzzle & Dragons X, che si collega direttamente alla versione originale con la possibilità di trasferire mostri e progressi da quest'ultima alla nuova. All'interno di questo free-to-play si trova la modalità Battaglia del tutto identica a quella originale, con Fixed Battle per iniziare subito a giocare e Free Battle che consentono invece di creare liberamente il proprio team d'attacco.
Presente inoltre anche la modalità "Challenge Survival" con tre livelli di difficoltà, che consente di ottenere nuovi mostri e materiali per le evoluzioni, in maniera da ampliare le possibilità di progressione nel gioco. Non sappiamo se questa versione free-to-play verrà distribuita anche in occidente.
