Metro 2039 racconta di come, dopo decenni di conflitti tra fazioni, i superstiti siano stati riuniti sotto il comando di Hunter, uno spartano fanatico che ha instaurato il regime del Novoreich.
Si tratta di un governo fondato su propaganda, paura e sulla promessa di riconquistare il mondo esterno da un nemico oscuro e sconosciuto. Tuttavia, dietro questa fragile unità si nasconde una nuova guerra, pronta a consumare quel poco che resta della civiltà.
Lontano dalla città, nelle terre desolate, uno Straniero vive in isolamento, tormentato da visioni e ricordi che non gli danno tregua. Quando il passato torna a reclamarlo, è costretto a intraprendere un viaggio disperato tra le rovine di Mosca, verso la Metro che aveva giurato di non rivedere mai più.
Il suo cammino si intreccerà con quello di un mondo sull'orlo del collasso, dove ogni scelta può significare la sopravvivenza o la dannazione.
Tra esplorazione, combattimenti e furtività, Metro 2039 racconta una storia intensa e oscura, in cui l'umanità lotta non solo per vivere, ma per non perdere definitivamente sé stessa.