Il Dr. Robotnik ha rubato ancora una volta gli Smeraldi del Chaos, ma quando l'esperimento per una sua nuova erma fallisce, gli smeraldi vengono dispersi per tutta l'isola.
Mentre Sonic e Tails stanno alla loro ricerca, Robotnik trova lo smeraldo giallo e convince Knuckles l' Echidna che Sonic vuole rubare gli altri smeraldi. Mentre accade tutto questo, Nack la Donnola sta cercando gli smeraldi per se stesso. Ora è una corsa a quattro.
Il gameplay è come gli altri Sonic, il giocatore può scegliere di giocare sia Sonic che Tails.
Sonic the Hedgehog: Triple Trouble fu uno dei titoli esclusivi per la sfortunata console portatile di Sega, il Game Gear, che non portò i frutti sperati. Il gioco era una riduzione di quello per Megadrive/Genesis, con cui aveva diversi elementi in comune. Fino alla riedizione su Nintendo 3DS, non esistono altre versioni del gioco.
