Secondo quanto riferito dal creative director Patrice Desilets a Edge Magazine (via CVG), il secondo capitolo di Assassin's Creed sarà diverso dal primo, soprattutto in virtù della maggiore profondità di gioco.
"Uno dei maggiori difetti del primo capitolo era il fatto che si basasse su una struttura troppo rigida", ha detto Desilets, "dopo un'ora si capiva che c'erano nove obiettivi sparsi in nove distretti. Non abbiamo mai sviato da questo schema. Con questo capitolo abbiamo spezzato lo schema, ci siamo rifiutati di seguirlo: questa volta si tratta di Ezio e Ezio ha una vita e ha bisogno di un collegamento che lo porti da una missione all'altra".
Attenzione: chi non vuole avere anticipazioni su alcuni elementi del gioco, eviti di leggere il seguito.
Secondo quanto riportato da Desilets alla rivista britannica, infatti, il gioco copre la storia di Ezio lungo la sua vita in diversi punti: dalla fase dell'infanzia alla maturità. Si parte con un Ezio bambino nella prima fase, poi si passa al protagonista diciassettenne, sempre proseguendo con una sorta di tutorial programmato nel quale si imparano le caratteristiche esclusive dell'"Animus 2.0", nuovo macchinario sviluppato da un gruppo segreto di resistenza ai piani di coloro che tenevano prigioniero Desmond. Con il protagonista che cresce, aumentano anche le responsabilità e le possibilità a disposizione del giocatore, che si troverà ad ereditare la villa di famiglia e i conseguenti averi, con la possibilità di effettuare investimenti e dare anche una spinta all'economia della città. Secondo Desilets, tutto questo è stato inserito per evitare la monotonia che colpiva l'originale, citando titoli come Zelda, Mario e Grand Theft Auto come ispirazione per gli elementi nuovi al suo interno.
