Durante lo sviluppo di Metroid Prime, il team Retro Studios aveva pensato di inserire al suo interno, come easter egg giocabile, l'intero Super Metroid, capitolo storico della serie su SNES, ma Nintendo si oppose alla scelta e impedì di proseguire con questo particolare bonus.
Il retroscena sulla creazione di Metroid Prime è stato svelato da David "Zoid" Kirsch, che è stato senior engineer per il primo e secondo capitolo della trilogia in Retro Studios, per poi passare a Valve e Blizzard.
Kirsch ha raccontato che non aveva mai giocato Super Metroid in precedenza, ma si mise a farlo quando fu assegnato allo sviluppo di Metroid Prime, in modo da approfondire la conoscenza della serie.
Si innamorò subito del gioco per Super Nintendo e lo finì almeno due volte in una settimana, cosa che lo spinse a ideare un easter egg all'interno di Metroid Prime che consentisse di giocare Super Metroid, ma Nintendo non accettò la proposta. Ufficialmente, la posizione era giustificata dall'impossibilità di utilizzare un emulatore non approvato per far funzionare la ROM all'interno del gioco per Gamecube, ma possiamo anche immaginare come la compagnia non vedesse proprio di buon occhio una distribuzione così "allegra" di uno dei suoi titoli classici più amati.
Tuttavia, l'idea proseguì in altra maniera, virando sul più economico Metroid per NES, che venne inserito nel gioco grazie anche all'emulazione ufficiale della console 8-bit che era già stata elaborata per la Gamecube.
