Il finale di Spirito Guerriero in realtà sembrava lasciare poco spazio ad un terzo episodio della saga, con il principe che ritornava nel suo regno con Kaileena, e la sabbia del tempo che era ormai un ricordo del passato. Purtroppo il ritorno alla città di Babilonia non è proprio dei più sereni, ed il principe trova ad accoglierlo il popolo in rivolta, che gli si aizza contro e lo fa prigioniero: Kaileena, pur di salvare il nostro eroe, si vede costretta a liberare nuovamente la sabbia del tempo, anche a costo della sua vita. Il sacrificio sortisce l'effetto sperato, ed il principe riesce a fuggire dai suoi carcerieri, tuttavia con un piccolissimo effetto collaterale: il pasticcio temporale ha diviso il nostro eroe in 2 gemelli (uno più dark e l'altro più sullo stile del principe del primo episodio), diversi come caratteristiche ed abilità, ma con il comune intento di riportare la situazione alla normalità e riprendere finalmente un'esistenza, per così dire, tranquilla.
Proprio questa doppia incarnazione del principe rappresenta la vera novità di questo terzo episodio, che ci darà la possibilità di affrontare le situazioni di gioco con un duplice approccio: da un parte potremo utilizzare la metà dark, più adatta ai combattimenti e per le sessioni stealth, dall'altra invece abbiamo il principe classico, più atletico e perfetto per le sessioni platform. Non sarà comunque possibile cambiare personaggio in qualsiasi momento del gioco, ma sarà necessario passare attraverso le fiamme per selezionare la versione dark, mentre l'acqua ci restituirà la metà buona (si fa per dire...).
