The Legend of Heroes: Trails through Daybreak II ci porta nell'anno 1209 del Calendario Septiano. La minaccia rappresentata da Almata è passata e la pace è finalmente tornata a Calvard. Per un certo periodo, la pace è ininterrotta, fino a quando un'unità delle forze speciali del CID viene massacrata da un assalitore sconosciuto. Mentre le autorità lavorano per contenere la situazione, le forze criminali colgono l'occasione per fare le loro mosse. Nel frattempo, uno Spriggan di nome Van Arkride inizia la sua indagine, dopo aver ricevuto una visita inaspettata.
Chi c'è dietro gli omicidi e qual è il loro obiettivo? Le sabbie del tempo riuniscono volti vecchi e nuovi in questo secondo capitolo della saga di Trails through Daybreak.
Il gioco propone con due diverse tipologie di battaglie in questo gioco di ruolo giapponese, con nuove meccaniche che possono essere utilizzate in entrambi i casi: Carica incrociata e Catene EX. La padronanza di queste due meccaniche combo può fornire una potenza di fuoco schiacciante da usare contro gli avversari.