Proprio mentre la febbre di NES Classic Mini si era tutt'altro che placata, è giunta come una doccia fredda la comunicazione della chiusura imposta alla produzione della console da parte di Nintendo.
La questione non è stata presa affatto bene dalla community di videogiocatori, molti dei quali non sono mai riusciti a trovare l'oggetto in vendita (almeno a prezzi decenti) e alcuni sono stati costretti ad affidarsi ai mercati paralleli spendendo delle fortune, rispetto al prezzo originale. È emerso da dati ufficiali che Nintendo ha venduto un totale di 2,3 milioni di NES Classic Mini nel mondo, dunque tra vendite effettuate e richiesta ancora alta è chiaro che la scelta della chiusura della produzione non ha motivazioni economiche.
Il Senior Director of Corporate Communications presso Nintendo, Charlie Scibetta, è tornato sull'argomento in un'intervista pubblicata da ArsTechnica, spiegando cosa sia successo in verità. La compagnia aveva ideato il NES Classic Mini pensandolo fin dall'inizio come un oggetto in edizione limitata, da vendere dunque secondo una tiratura prestabilita e con produzione destinata a concludersi in fretta, a quanto pare a prescindere dall'effettiva domanda del pubblico.
Il problema è che forse la cosa non è stata ben spiegata, con lo stesso Scibetta ad ammettere che Nintendo "avrebbe potuto fare un lavoro migliore nel comunicare che si trattava di un prodotto a tiratura limitata". In pratica l'idea era di lanciare il NES Classic Mini come prodotto estemporaneo, destinato a restare sul mercato solo per il periodo dell'Holiday Season 2016 e anzi la produzione è stata anche aumentata e prolungata rispetto a quanto inizialmente preventivato.