Con Yu-Gi-Oh! Tag Force GX vi preparate ad affrontare l'ultimo anno all'Accademia del Duellante, dove potrete scegliere il vostro compagno tra oltre 100 personaggi, tutti aggiornati dal punto di vista grafico. Il rapporto con gli altri studenti avrà un ruolo importante nel corso dell'avventura, mentre i Duelli di coppia vi permetteranno di affrontare gli avversari insieme al vostro partner. Dovrete quindi migliorare l'intesa con i compagni di scuola, affinare le strategie per i combattimenti 2 contro 2 e arrivare pronti al Duello di diploma che concluderà il vostro percorso all'Accademia.
Il sistema di gioco riprende lo stile dei Duelli classici della serie, mettendovi a disposizione più di 3.800 carte. Il catalogo comprende anche diverse carte apprezzate dai fan che non erano presenti nella versione originale di Yu-Gi-Oh! GX TAG FORCE 3, oltre a nuovi elementi dedicati ai Deck dell'epoca GX. Potrete quindi costruire il vostro Deck scegliendo le carte più adatte al vostro stile di gioco, sperimentare combinazioni differenti e modificare le vostre strategie in base agli avversari che incontrerete.