Hideo Kojima ha messo le mani avanti sulla trama di Metal Gear Solid V: The Phantom Pain affermando che potrebbero esserci alcune discrepanze rispetto alla trama globale della serie. Il titolo racconta gli eventi successivi a quelli narrati in Metal Gear Solid 3 ma è ambientato prima del primissimo capitolo della serie, inserendosi in un contesto narrativo complesso.
Dunque, per Kojima, è molto difficile essere sicuro che non ci siano contraddizioni e a quanto pare lo sviluppatore non è intenzionato a sacrificare il divertimento sull'altare della coerenza assoluta. Kojima, infatti, ha affermato che per lui sono più importanti il gameplay e la carica emotiva della narrazione piuttosto che i piccoli dettagli. "Spero che i fan e i giocatori lo capiscano, ho bisogno di scrivere al meglio delle possibilità e non importa se ci sarà qualche piccola discrepanza", ha detto.
