Il permadeath è sempre stata una delle caratteristiche principali della serie Fire Emblem e sarà ovviamente presente anche in Fire Emblem: Three Houses, solo che in questo caso il gioco mette a disposizione un particolare potere, chiamato Divine Pulse, in grado di modificare l'andamento delle battaglie ed eventualmente salvare i propri compagni dalla morte definitiva.
Fire Emblem: Three Houses consente anche di giocare in una modalità facile in cui la morte dei personaggi non è definitiva, ma se si vuole seguire l'esperienza tradizionale allora si deve ricorrere alla modalità Classica, nella quale alla morte di un personaggio sul campo di battaglia corrisponde la sua definitiva rimozione dal gioco. In Fire Emblem: Three Houses è presente un'abilità speciale, chiamata Divine Pulse, che consente di riavvolgere il tempo fino a raggiungere il turno specifico che vogliamo modificare per evitare un prosieguo funesto degli eventi. Si tratta di un potere che si consuma, dunque non può essere utilizzato in continuazione e dev'essere dunque dosato, rientrando nell'impostazione strategica generale del gioco, ma è comunque un'introduzione interessante per stemperare il clima.
Si tratta, peraltro, di un sistema simile a quello adottato anche in Fire Emblem Echoes: Shadows of Valentia con Mila's Turnwheel, anche se Divine Pulse sembra essere più integrato nelle meccaniche di gioco e non è chiaro se anche questo debba essere caricato con oggetti da trovare o se segua un flusso automatico. La data di uscita di Fire Emblem: Three Houses è fissata al 26 luglio 2019.
