Ricalcando ancora una volta il gioco originale, Nioh 2 ripropone le Sorgenti Termali come punto di sosta dove raccogliere le idee, riposarsi dopo qualche combattimento estenuante ma soprattutto recuperare la salute e godere di qualche piccolo beneficio. In totale sono ventisette e la maggior parte si sblocca nel corso delle missioni principali: potete trovarle in ogni momento, quindi non abbiate paura di lasciarne indietro qualcuna, ma soprattutto valgono anche se sbloccate nel corso di altre missioni che condividono l'ambientazione. Un esempio lo trovate nella videoguida sottostante, poiché la Sorgente Termale della missione secondaria "Un errore di calcolo" si poteva sbloccare poco prima nella missione principale "Gli oscuri mostri di Okehazama" ma il gioco la considera ugualmente valida. Per tenere traccia delle sorgenti e capire quali vi mancano, vi basta esaminare una missione dopo averla selezionata dalla mappa del mondo.
Molte di queste sorgenti sono spesso nascoste dietro i Nurikabe, false pareti che sono in realtà Yokai ma non sono così facili da distinguere se non prestate attenzione fino a notarne gli occhi oppure sentire il loro brontolio quando ci passate accanto. Potete scegliere se affrontarli direttamente o cercare un confronto pacifico indovinando quale gesto apprezzeranno: da notare però che non è il gesto in sé a importare quanto il colore (blu, rosso, giallo). In genere nei paraggi trovate la tomba di qualcuno che si è mostrato troppo incauto nei loro confronti e il modo in cui è morto vi aiuterà a capire come non comportarvi. Fare un bagno in tutte le sorgenti sblocca il trofeo Amante delle Sorgenti. Non è necessario completare la missione, il gioco salverà in automatico i progressi dopo aver interagito con una sorgente.